Époque des KOFUNS 310-552
Dès l’an 300, on assiste aux prémices des jardins japonais engendrées par l’arrivée d’une nouvelle vague d'immigrants venus de Corée. Ces derniers, en imposant leur culture aux autochtones, poseront la base de la culture japonaise et permettront la naissance d’un art nouveau, celui des jardins japonais.

La construction des jardins dans de petits espaces clos découlerait vraisemblablement d’une pratique coréenne relative au culte des morts. Les sépultures des souverains étaient construites dans des espaces clos composés de gigantesques tumuli (les kofuns) ornés par des poteries et pouvant aller jusqu’à 800 mètres de long. L’art des jardins aurait donc emprunté à cette pratique le concept d’enceinte, caractéristique des jardins japonais.

Ce n’est cependant qu’avec l’émergence d’un culte à l’égard de la nature, le shintoïsme, que seront réellement posés les fondements de l’art des jardins japonais. Par cette religion propre au Japon, les japonais vénèreront la nature et toutes ses forces. Ainsi les montagnes, les rivières, le tonnerre ou tout autre phénomène seront considérés comme des manifestations divines. Certaines pierres ou arbres, en raison de leur forme particulière, deviendront des objets sacrés, demeures des esprits divins.

Mais le shintoïsme n’est pas seulement une religion, il est aussi et surtout un mode de vie élaborant un code de bonne conduite entre l’Homme et la Nature.

Époque ASUKA, 593-710
C’est en 594 que le prince Shôtoku Taishi impose le bouddhisme comme religion d'État. Les croyances chinoises se mêleront alors aux croyances japonaises, les cultes Shintô et Bouddhiste cohabiteront pacifiquement mélangeant parfois les divinités, et même certains rites. Les nombreux points communs entre les deux religions faciliteront largement son assimilation par la population japonaise et leur traduction sur le terrain sera très proche.
En effet, la réalisation des jardins japonais, comme des jardins chinois, répond à un besoin de rapprochement de l’homme avec l’au-delà. Les jardins se doivent d’être une représentation du paradis où l'homme n’occupera qu'une part infiniment modeste, où son action sur la nature ne sera que supposée. Et si dans la tradition Bouddhiste, le paradis est représenté par des lacs, des îles et des montagnes entourant de vastes résidences qui symbolisent la demeure du bouddha, il est, dans la tradition Taoïste, représenté par un groupe d’îles-montagnes flottant sur l’océan où vivent des Immortels.
C’est donc à cette époque que l’on assistera à la naissance des « jardins îles ».

Époque NARA, 710-794
La synthèse entre les jardins japonais et les jardins chinois s’opèrera peu à peu lors de la période Nara, ne se limitant pas aux éléments essentiels – l’eau, les îles et les montagnes – mais en intégrant des éléments votifs venant de Chine – fontaines de pierre, ponts – et en modifiant les dimensions des jardins. Ils ne cesseront alors de croître tout au long de cette ère.
L’influence de la Chine à cette époque est grandissante. Toute l’architecture de la capitale japonaise sera construite selon les critères chinois : des palais et de grands sanctuaires bouddhistes y seront édifiés selon le style et les méthodes du continent. En effet, les japonais se verront enseigner les Arts - art du tissage de la soie, orfèvrerie, art de la laque ou de la charpenterie - par des techniciens et savants chinois.

Période HEIAN, 794-1185
À la fin du IXème siècle (en 894), les relations avec la Chine sont interrompues.
À cette époque, les jardins seront des reproductions quasi identiques des paysages naturels sur le plan physique comme spirituel. Car l’objectif n’est pas seulement d’imiter point par point les paysages mais avant tout de tenter de refléter leur esprit dans le respect des croyances bouddhistes. Les jardins seront aménagés au rythme des saisons : la mise en évidence du sentiment de l’éphémère que procure la nature constituera l’axe central de la création des jardins.

C’est à cette époque que le Sakutei-ki (« De la création des jardins ») fut rédigé. Il s’agit d’un mode d’emploi reprenant une à une les règles de création des jardins, restées jusqu’alors au stade oral.
L’ouvrage est composé de onze rubriques relatives à la mise en place des pierres et aux différents styles qu’elles représentent, aux styles de rivages et de formes d’îles, aux cours d’eau, aux cascades, aux enseignements ancestraux. Il réglemente en outre les devoirs et les interdits des initiés.

Si aujourd'hui, les croyances énoncées dans cet écrit n'ont plus cours, l’art du jardin japonais repose encore et toujours sur ce traité.

Époque KAMAKURA, 1185-1333
Le bouddhisme continue son ascension au sein du pays et l’on assiste dès le début du XIIème siècle à la naissance du bouddhisme zen.
La culture Zen gagna très rapidement l’ensemble du Japon en annihilant les croyances religieuses au profit de la laïcisation des rapports entre l’Homme et le Divin. Cette culture Zen portée par les castes guerrières omniprésentes au Japon ces derniers siècles, repose en effet sur la recherche personnelle du salut, sans aucune référence aux textes et icônes, afin de s'adresser exclusivement à la maîtrise de soi. Les jardins zen (ou secs), fidèles traductions de cette quête, auront un style parfaitement épuré où les îles et les pièces d’eau, éléments jusqu’alors essentiels des jardins japonais, se verront remplacées par leur stylisation. Ces jardins sont alors composés exclusivement de sable blanc et de pierres, dont la profondeur du vide est considérée propice à la méditation.

Époque MUROMACHI, 1333-1568
Les jardins devenus secs n’auront plus alors qu’un rôle purement esthétique et seront bâtis comme une extension de la maison où il fait bon vivre. Les dimensions des jardins redeviennent, dès lors, plus raisonnables, voire assez petites.

Période MOMAYAMA, 1573-1603
La cérémonie du thé est alors une pratique en pleine expansion. Elle se déroule dans un petit pavillon spécialement conçu pour, séparé de la maison que l’on atteint en traversant un jardin composé d’éléments typiques des jardins ultérieurs : sentiers de pierre, lanternes, bassins.

Époque EDO, 1600-1868
Le Japon vivra coupé du monde, recentré sur lui-même, les étrangers seront alors renvoyés.
Cette période correspond à l’apparition des jardins promenades où les pierres et arbres de grande taille servent alors le plus souvent à reproduire des pahysages connus et célèbres ; il s’agit tout simplement de reproduction sur des schémas répétés à l’infini. Dans ces jardins, on retrouvera simultanément les jardins secs et les jardins de thé, les jardins îles et jardins empruntés.
Les préoccupations esthétiques prédominent dorénavant sur les considérations religieuses, bien que le bouddhisme zen soit durant toute cette période encore à l’honneur.

Époque CONTEMPORAINE, 1868 à aujourd'hui
En 1868, le Japon s’ouvre de nouveau sur le monde, et l’on assiste à l’apparition dans les jardins de massifs de fleurs et de pelouse, ainsi qu’à la naissance des jardins lettrés. Ces derniers reposeront sur des règles rigoureusement autochtones et sur des critères de simplicité et de raffinement. Le shintô sera alors imposé comme religion d’État avant d’être aboli à la fin de la seconde guerre mondiale.